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Title: Mapeamento antigênico da proteína NS1 de Flavivírus : uma abordagem in-silico.
Authors: Souza, Ana Clara Gomes de
metadata.dc.contributor.advisor: Silva, Breno de Mello
Gonçalves, Ricardo Lemes
metadata.dc.contributor.referee: Rodrigues, Rodrigo Araújo Lima
Moreira, Leandro Márcio
Keywords: Flavivirus
Proteínas
Bioinformática
Issue Date: 2021
Citation: SOUZA, Ana Clara Gomes de. Mapeamento antigênico da proteína NS1 de Flavivírus: uma abordagem in-silico. 2021. 59 f. Monografia (Graduação em Ciências Biológicas) - Instituto de Ciências Exatas e Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2021.
Abstract: Atualmente, o número de doenças provocadas por Flavivirus é significativo. No ano de 2020 foram notificados 931.903 casos possíveis de infecções por Dengue virus (DENV) e 6.805 casos possíveis de infecções por Zika virus (ZIKV). Apesar do alto impacto causado por estes casos, pouco se sabe sobre as prováveis variações de proteínas entre as diversas linhagens circulantes no Brasil, o que pode ser um empecilho na criação de novas vacinas e testes. O alvo do estudo que se segue é a proteína NS1, uma vez que além de ter função na montagem da estrutura viral, está ligada a diversas funções na infecção como romper vasos sanguíneos e causar uma cascata de infecção celular através da ativação de enzimas do organismo presentes no glicocalix, tropismo determinado por células endoteliais e vazamento de vasos e células para o extravasamento do vírus. O trabalho consiste no alinhamento de sequências da NS1 correspondentes ao vírus DENV, ZIKV e YFV, com a finalidade de uma observação de regiões conservadas e polimórficas na proteína, bem como análise das variações intra e inter específicas entre os resíduos e predição de epítopos imunogênicos, o trabalho usou da bioinformática para obter grande parte das conclusões. As variações foram descritas, a proteína foi modelada IN-SiLICO através de programas computacionais, houve a predição de epítopos para células T e B e também foram feitas imagens de variações na superfície da NS1 para as espécies. Os resultados quanto à variabilidade da proteína foram interessantes, uma vez que houve o registro de diversas regiões polimórficas e não polimórficas em uma curta quantidade de resíduos, a similaridade entre a proteínas foi de 28,6%, enquanto a identidade foi de 50,6%. Houveram alterações na quantia de mutações e variabilidade entre as espécies de acordo com as regiões da proteína, o que pode ter ocorrido devido a exposição ao meio e a funcionalidade da mesma. A NS1 se mostrou antigênica e teve grande quantia de epítopos encontrados nos servidores de predição, sendo 96 epítopos para células T e 136 para células B. O trabalho poderá auxiliar no direcionamento da realização de novas vacinas e testes diagnósticos para o mercado.
metadata.dc.description.abstracten: The number of diseases caused by Flavivirus is significant nowadays. Although, for example, in 2020 931,903 possible cases of DENV and 6,805 probable cases of ZIKV were reported, despite the high impact caused by this number of cases, little is known about the likely variations of proteins among the various strains circulating in Brazil, which can be an obstacle in the creation of new vaccines and tests. The target of the study is the NS1 protein that has a role in the assembly of the viral capsule and activates enzymes present in glycocalyx in cells from blood vessels, causing endothelial cells and leakage of vessels and cells for vírus extravasation. The work consists of aligning NS1 sequences corresponding to the DENV, ZIKV, and YFV víruses to observe conserved and polymorphic islands in the protein and analyze Intra and interspecific variations between residues, and predicting immunogenic epitopes. The work used bioinformatics to obtain most of the conclusions. Variations were described, the protein was modeled in-silico using computer programs, epitopes were predicted for T and B cells, and NS1 surface variations were also imaged for the species. The results regarding protein variability were interesting since there was a record of several polymorphic and non-polymorphic islands in a short number of residues, the similarity between the proteins was 28.6%. In comparison, the identity was 50.6 %, there were changes in the number of mutations and variability between species according to the protein regions, which may have occurred due to exposure to the medium and its functionality. NS1 proved to be antigenic and had many epitopes found in prediction servers, with 96 epitopes for T cells and 136 for B cells. The work may help guide the realization of new vaccines and diagnostic tests for the market.
URI: http://www.monografias.ufop.br/handle/35400000/5851
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